Субстрат, подвергаемый термической обработке, должен быть полностью однородным по составу и степени разложения. Он должен иметь темно-коричневый цвет, содержать примерно 70% влаги, но не меньше 65 % и не более 72 %. Его следует обрабатывать в компостных буртах согласно правилам аэробного компостирования в течение 13 — 14 дней. Субстрат должен быть "активным", т. е. способным саморазогреваться благодаря протекающей в нем микробиологической ферментации. Из активного субстрата выделяется аммиак. Субстрат, приготовленный механизированным способом, может иметь и слабый запах, характерный для анаэробной ферментации; сильный запах анаэробной ферментации является показателем недостаточно перебродившей массы.
Если грибовод сам готовит субстрат, то он несет и ответственность за его качество. На практике грибоводы загружают субстрат в камеру в день его третьей перебивки (Ранчева, 1978).
Если сырой субстрат добавляют с компостного предприятия, то его должен сопровождать сертификат о качестве, в который вписывают: дату отправки, тип субстрата, качество исходных материалов, продолжительность первой фазы компостирования, содержание общего азота и влаги (в %). Погрузка субстрата в грузовые автомобили должна осуществляться так, чтобы обеспечивалось его максимальное перемешивание и гомогенизация. Для этого погрузку лучше производить "слоями" в крупногабаритные грузовые машины и прицепы. Фронтальный тракторный погрузчик высыпает ковши с субстратом слоями сначала по длине кузова и затем таким же способом поперек кузова.
Грибовод должен уметь оценивать субстрат по органолептическим показателям, определять степень его зрелости и влажность. Недостаточно влажный субстрат при коротком компостировании необходимо дополнительно увлажнить (в момент его загрузки в камеру). Если этого не сделать, то содержащейся в нем воды может оказаться недостаточно для проведения качественной термической обработки.
В камеру всегда следует загружать однородный (гомогенизированный) субстрат. Грубыми ошибками являются доставка субстрата из двух или более разнородных партий и последовательная загрузка их в камеры, потому что с самого начала обработки создаются неодинаковые условия для ферментации в различных частях массы субстрата.
Если возникает необходимость поставки сырого субстрата из двух партий, то такой субстрат следует предварительно равномерно перемешать.