Шампиньоны плодоносят волнами. Периоды обильного появления плодовых тел сменяются периодами, когда на субстрате почти нет грибов. Хороший урожай вырастет резкими волнами – за один день вся поверхность покрывается грибами, затем плодоношение прекращается, чтобы так же резко возобновиться через 7–9 дней. Растянутые волны дают худший урожай. Если все условия соблюдены, размер урожая зависит от качества компоста.
Шампиньоны собирают, когда пленка, закрывающая пластинки на шляпке, становится натянутой или слегка трескается. После раскрытия шляпки вес гриба почти не увеличивается, а пищевая ценность снижается, поэтому незачем оставлять грибы подрасти. Грибы собирают вручную, вынимая их из субстрата вращательным движением. Вынутый гриб отряхивают от грязи и кладут сразу в фасовочную упаковку.
Срезать шампиньоны ножом нельзя, потому что оставленные в субстрате ножки загнивают и привлекают различных вредителей и возбудителей болезней. По той же причине нельзя оставлять в шампиньоннице зрелые грибы.