Современные технологии производства сельскохозяйственной или промышленной продукции уже работают по закрытому производственному циклу, без отходов, загрязняющих окружающую среду, в самом широком смысле слова.
Производство шампиньонов тоже может быть источником загрязнения окружающей среды. Например, при транспортировке соломы и органических удобрений в открытых грузовых машинах засоряются дороги; сток навозной жижи с компостных площадок в поливные системы или водоносные слои загрязняет почву или водоисточники; развившиеся навозные и домашние мухи на компостных площадках и выделяемые навозом запахи загрязняют воздух близлежащих населенных пунктов и т. д. Не случайно современные технологии компостирования предусматривают при строительстве площадок для компостирования их пространственную изоляцию от населенных пунктов; строительство бетонных площадок и навесов, устройств канализации и резервуаров для повторного использования навозной жижи; проведение борьбы с мухами; ограждение площадок для компостирования.
Загрязнять окружающую среду может также уже использованный субстрат, если его выбрасывают в ямы, реки и овраги и т. д., а также использованные мешки из полимерной пленки, которые не гниют. Если отработанный субстрат не используют, то его следует отвезти на свалку. Мешки из полимерной пленки необходимо собирать и сжигать. Отработанный субстрат может быть и источником инфекции при выращивании грибов как в примитивных, так и в интенсифицированных шампиньонницах. В современных шампиньонницах после каждого оборота культуры отработанный субстрат дезинфицируют, нагревая его чаще всего паром до температуры 72 °С в течение 10—12 ч. Для экономии энергии разработан метод, при котором дезинфекцию паром комбинируют с обработкой формальдегидом, который сохраняет активность и при высокой температуре. Пропаривание, комбинированное с окуриванием, прекращают, как только максимальная температура достигает 72 °С. После охлаждения субстрат без опасения можно вынести из шампиньонницы.
Совершенно по-другому поступают на небольших предприятиях по производству шампиньонов, где отработанный субстрат выбрасывают из шампиньонниц, не продезинфицировав его. Он высыхает и становится источником инфекции. Особенно опасны споры паразитирующей желтой плесени рода Мицелиофтора и споры больных вирусами шампиньонов.
Чтобы уменьшить опасность заражения культуры при ее следующем обороте, грибоводам нужно соблюдать правила гигиены:
—осуществлять транспортировку исходных материалов для субстрата в закрытых грузовых автомобилях;
—правильно проводить компостирование, включая пастеризацию субстрата;
—быстро выгружать субстрат из термической камеры и без задержки проводить посадку мицелия;
—проводить постоянную борьбу с вредителями шампиньонов;
—остатки от ножек и поврежденных плодовых тел следует закапывать в яму или выбрасывать на городскую свалку;
—проводить обильный полив субстрата перед тем, как вынести мешки из шампиньонницы, а если есть опасность инфекции, то в воде для полива следует растворить какой-либо препарат (медный купорос, хлорную известь, формалин);
—субстрат транспортировать только в мешках;
—проводить уборку шампиньонницы и территории возле нее;
—обязательно мыть стены, потолок и пол шампиньонницы; если есть стеллажи, то их следует очищать проволочной щеткой и мыть;
—проводить дезинфекцию шампиньонницы формальдегидом;
— побелку стен и потолков осуществляют раствором свежегашеной извести и медного купороса; металлические стеллажи медным купоросом не обрабатывают; если они заржавели, то ржавчину удаляют проволочной щеткой и окрашивают стеллажи масляной краской;
— основную дезинфекцию земляных полов в шампиньоннице проводят 1—3 %-ным раствором каустической соды.