В систематике всех растений, в том числе и грибов, есть свои строгие правила, собранные в «Международном кодексе ботанической номенклатуры». Согласно этому кодексу, все грибы составляют царство и разделяются на отделы, последние на классы, те, в свою очередь, на более мелкие группы — порядки, порядки — на семейства, семейства — на роды, а последние — на виды. Красный мухомор, например, относится к отделу и одноименному классу базидальных грибов, порядку и семейству болетовых, роду болетус и виду болетус съедобный.
Все виды грибов имеют латинские названия, которые известны микологам мира. Многие наиболее распространенные виды имеют русские названия. Если русского названия у гриба нет, в специальной литературе дается перевод его названия с латыни.
Грибы разделяются на отделы и классы в зависимости от того, где образуются у них органы размножения — споры. Сморчковые грибы и трюфели, например, относятся к отделу и классу сумчатых, потому что их споры помещены в продолговатые микроскопические клетки — сумки. Они располагаются на поверхности плодовых тел. Когда грибы созревают, можно наблюдать, как из сумок даже при слабом сотрясении вылетает облачко спор.
Большинство шляпочных грибов (пластинчатых и трубчатых), а также трутовики, рогатики, ежевики, дождевики относятся к другому большому отделу и классу грибов — базидиальных, у которых споры образуются открыто на микроскопических выростах мицелия (грибницы) — базидиях. Сами базидии тесным слоем покрывают спороносную поверхность плодовых тел — пластинки, трубочки или гладкую поверхность плодового тела, как у рогатиков.
В природе насчитывается около 100 тыс. видов грибов, из которых приблизительно две трети составляют грибы микроскопические, живущие в почве, воде, на растениях. Их называют «микромицеты». Относительно крупные грибы, видимые невооруженным глазом, называют макромицетами. Их около 10 тыс. видов. Многие из них употребляют в пищу и даже выращивают.
Схема развития шляпочного гриба на примере шампиньона обыкновенного: а — грибница паутинистая; б — грибница тяжистая; в — зачатки и зрелые плодовые тела грибов.