Питательная среда, на которой выращивают шампиньоны, называется субстратом, а процесс его приготовления — компостированием.
На протяжении нескольких столетий субстрат готовили из соломистого конского навоза, который в настоящее время является дефицитным сырьем не только из-за сокращения поголовья лошадей в мире, но и вследствие значительного развития грибоводства во многих странах. В течение последних 30—40 лет предложено много рецептов приготовления субстрата, в которых конский навоз частично или полностью заменяется другими материалами — соломой, грубым сеном, стержнями кукурузных початков, листьями и стеблями кукурузы, отходами льно — и целлюлозоперерабатывающей промышленности, городскими отходами, древесными опилками, сосновой корой и другими органическими и неорганическими (минеральными) добавками.
Известны также рецепты приготовления субстрата из навоза крупного рогатого скота, свиней, овец или птичьего помета, но всегда с добавлением большого количества соломы. Специальные требования предъявляются к кормлению животных, от которых получают такой навоз. Очень часто, хотя и неправильно, употребляются термины "пол у синтетический субстрат", если замещается лишь часть конского навоза, и "синтетический субстрат", если конский или другой вид навоза вообще не используется.
Несмотря на крупные успехи, достигнутые в теории и практике компостирования, которые нашли свое выражение в получении высоких урожаев с единицы массы субстрата, до сегодняшнего дня нет точного ответа на вопрос, почему именно свежий соломистый конский навоз является наилучшим исходным материалом для приготовления субстрата. На практике стремятся к тому, чтобы все заменители конского навоза были аналогичны ему как по структуре, так и по составу.
Свежий конский навоз нельзя непосредственно использовать в качестве субстрата для шампиньона. Он содержит свободный аммиак, представляющий яд для мицелия. Кроме того, в нем содержатся растворимые сахара, пектин и другие вещества, пригодные для развития более жизнеспособных, чем мицелий шампиньона, микроорганизмов — бактерий и плесеней (плесневые грибы), которые являются его конкурентами. К тому же они обусловливают повышение температуры в навозе более 30 °С. Развитию вредных микроорганизмов способствует и щелочная реакция свежего конского навоза (рН выше 8).
Конечная цель компостирования — освободить исходный материал от вредных для шампиньона веществ, уничтожить некоторые микроорганизмы и вредителей шампиньона и создать селективный субстрат, пригодный для развития мицелия шампиньона и непригодный для развития микроорганизмов — конкурентов шампиньона.
Вековым опытом создан метод компостирования, при котором конский навоз или его заменители подвергаются микробиологической ферментации, в большей или меньшей степени управляемой человеком. Этот метод наиболее широко распространен и в современном грибоводстве, хотя микробиологическое компостирование представляет трудный технологический процесс. Поэтому специалисты ищут способы замены спонтанной ферментации техническими процессами. Уже разработаны новые прогрессивные и эффективные технические методы компостирования. Несмотря на это, практически они не применяются, чаще всего по экономическим соображениям.