Вешенку болезни практически не поражают. Однако изредка в летний период наблюдается появление необычных плодовых тел — крупных, утолщенных, капустообразных, очевидно вирусного происхождения.
Вешенка поражается такими вредителями, как грибные мухи и комары, клещи и слизни. Поврежденные мицелий и плодовые тела подвергаются встречным бактериальным инфекциям. Большой вред эти вредители могут нанести, если в вешеннице одновременно выращивается разновозрастный материал. Для борьбы с насекомыми помещение окуривают сернистым газом или опрыскивают 0,18%-ным раствором актелика.
В условиях пленочной теплицы плодовые тела вешенки обыкновенной в сильной степени повреждаются слизнями. Для борьбы с ними почву в теплице два-три раза в год посыпают калийной солью или суперфосфатом.
При выращивании вешенки на отрубках древесины применять химические меры борьбы практически невозможно, так как даже одноразовая химическая обработка может повредить мицелий. При выращивании вешенки на отходах сельскохозяйственного производства в контейнерах или полиэтиленовых мешках использование химических мер борьбы затруднено из-за того, что большинство вредителей определенную часть своего цикла проводят внутри субстрата и таким образом защищены от воздействия химических средств. Поэтому при выращивании вешенки основное внимание должно быть уделено профилактическим мерам борьбы. Проводятся они до посадки мицелия в субстрат и заключаются в тщательном удалении всех источников распространения вредителей и болезней. Особое внимание следует уделять чистоте инвентаря. Перед началом работ помещение, в котором выращивают вешенку, а также инвентарь дезинфицируют путем окуривания сернистым газом или формальдегидом. Можно провести дезинфекцию опрыскиванием 2—4%-ным раствором хлорной извести или раствором формалина.